PCR 산물을 실온에서 하루 이틀 방치하는 것은 문제가 크지 않지만 장기적인 계획은 아니다.한두 시간만 임시로 두면 걱정하지 않아도 된다. DNA는 안정적이고 분해되지 않는다.

그러나 실온을 오래 두면 (예를 들어 24시간을 초과하면) 스트라이프가 흐려지기 시작할 수 있으며 분해 위험이 점차 증가할 수 있다는 점에 유의해야 한다.주변 온도가 높으면 분해가 더 빨라집니다.

단기보관 (예를 들면 하루 이틀 안에 사용해야 한다), 4 ℃ 냉장고에 넣으면 효소의 활성을 효과적으로 억제하고 안정을 유지할 수 있다.장기 보존 (몇 달 심지어 더 오래), 반드시 -20 ℃ 또는 -80 ℃ 를 넣어 냉동하는 것이 표준 방법이다.만약 조건이 허락된다면 전용시약함으로 순화한후 다시 동존하면 효과가 더욱 좋으며 반복적인 동융으로 인한 손상을 피면할수 있다.PCR 생산물의 보존 시간을 더 연장하려면 분리 냉동 저장 정책을 사용하는 것이 좋습니다.산물을 여러 개의 무균 EP관에 나누어 담고, 각 관에 1회 사용량을 보관하면 반복적인 동결로 인한 DNA 파열 위험을 피할 수 있다.분장할 때 관구의 짧은 원심분리에 주의를 돌려 액적잔류로 인한 오염을 방지해야 한다.고가치 샘플의 경우 완충액에 적당량의 글리세린 (종농도 5~10%) 을 첨가할 수 있는데, 이 냉동 보호제는 얼음 결정 형성으로 DNA에 대한 물리적 손상을 줄일 수 있다.

만약 실험실 조건이 제한되어 있다면,'염에탄올 침전법'을 사용하여 임시로 보존할 수 있다: 1/10 부피 3M 초산나트륨과 2.5배 부피 예냉 무수 에탄올을 첨가하여 혼합한 후 -20 ℃ 에 둔다.이 방법은 전문적인 동존보다 안정적이지는 않지만 전기가 끊기는 등 돌발상황에서 DNA의 완전성을 1~2주 동안 유지할수 있으며 사용시 원심분리제거만 하고 70% 의 에탄올을 표백한후 다시 걸면 된다.

주의해야 할 점은 형광표시가 함유된 산물은 빛에 민감하므로 피광관을 사용하여 보관해야 하며 4 ℃ 환경에서도 알루미니움박으로 싸야 한다.다국적 운송이 필요한 샘플의 경우 DNA 안정 보존 카드를 사용하는 것을 추천한다. 이 유리 조각 크기의 특제 여과지는 수개월 동안 실온으로 핵산을 보존할 수 있어 야외 샘플링 장면에 특히 적합하다.